تقدم كلية الصيدلة في جامعة العلوم التطبيقية الخاصة برنامجي ماجستير، وهما برنامج العلوم الصيدلانية، وبرنامج التكنولوجيا الصيدلانية وإدارة الجودة. كلا البرنامجين مدتهما سنتان ويهدفان إلى تطوير المهارات البحثية والعملية في مجلات الصيدلة لمواكبة التطورات العلمية واحتياجات سوق العمل. توجد مسارات للطلبة إما بنظام الرسالة أو النظام الشامل.