تأسست عمادة البحث العلمي والدراسات العليا في جامعة العلوم التطبيقية الخاصة بقرار من مجلس الأمناء في مطلع يناير عام 1998، وذلك بموجب المادة (9/2) من النظام الداخلي للجامعة رقم (1) لسنة 1993، استنادًا إلى قانون الجامعات الخاصة رقم (19) لسنة 1989. جاء هذا التأسيس تأكيدًا على أهمية البحث العلمي في تطوير مهارات أعضاء الهيئة التدريسية، ودعم الباحثين، وتعزيز الإنتاج العلمي في الجامعة.

تعمل العمادة على تقديم حوافز تشجيعية لأعضاء هيئة التدريس، مما ساهم في تعزيز إنجازات الجامعة البحثية وزيادة عدد الأبحاث المنشورة في المجلات العلمية المتخصصة المفهرسة في قواعد بيانات Scopus وWeb of Science. وقد انعكس ذلك على تميز الجامعة، حيث تُعدّ جامعة العلوم التطبيقية الخاصة الأكثر نشرًا للأبحاث في Scopus مقارنة بغيرها من الجامعات الأردنية الخاصة.

وفي إطار مواكبة متطلبات سوق العمل، تسعى العمادة، بالتنسيق مع عمادات الجامعة المختلفة، إلى توفير فرص الابتعاث للطلبة لاستكمال دراساتهم العليا (الماجستير والدكتوراه) في جامعات عالمية مرموقة تُصنَّف ضمن أفضل 500 جامعة وفق تصنيفات QS, Shanghai, TIMES.

حاليًا، تطرح الجامعة خمسة عشر برنامجًا للدراسات العليا تشمل التخصصات التالية:

1. ماجستير التغذية السريرية والحميات

2. ماجستير الكيمياء

3. ماجستير المحاسبة

4. ماجستير التسويق

5. ماجستير العلوم الصيدلانية

6. ماجستير علم الحاسوب

7. ماجستير التمريض

8. ماجستير التمويل وإدارة المخاطر

9. ماجستير ترجمة المرئي والمسموع ووسائط الإعلام

10. ماجستير القوانين السيبرانية

11. ماجستير التصميم الداخلي

12. الدبلوم العالي في التربية

13. ماجستير إدارة الأعمال الرقمية

14. الماجستير في التكنولوجيا الصيدلانية وإدارة الجودة

15. الماجستير في الإعلام الرقمي​

16.​الماجستير في ​​التسويق الرقمي​

كما تسعى الجامعة إلى تقديم برامج مشتركة مع جامعات عالمية مرموقة في مجالي الدراسات العليا والدبلومات المهنية المتخصصة.

في إطار دعم المسيرة الأكاديمية لأعضاء الهيئة التدريسية، وضعت العمادة تعليمات واضحة بشأن الترقيات الأكاديمية والتنقل بين الفئات الوظيفية، كما تبنّت الجامعة حديثًا تعليمات منح إجازة التفرغ العلمي، بهدف إتاحة الفرصة لأعضاء الهيئة التدريسية لإنجاز أبحاث علمية مشتركة مع جامعات عالمية ومراكز بحثية مرموقة.

وتشجّع العمادة مشاركة أعضاء الهيئة التدريسية في المؤتمرات العلمية المتخصصة المفهرسة في Scopus, SCIE, SSCI, SCI, AHCI، سواء داخل الأردن أو خارجه، كما تدعم تحكيم الكتب العلمية، مما يتيح لأعضاء هيئة التدريس تقييم مؤلفاتهم لأغراض الترقية أو التدريس، إضافة إلى تقديم دعم مالي للمؤلفات المتميزة.

تشرف العمادة على إصدار المجلة الأردنية في العلوم التطبيقية بفئتيها:

- العلوم الإنسانية

- العلوم الطبيعية

وقد وفّرت العمادة الفرصة للباحثين من داخل الجامعة وخارجها لنشر أبحاثهم في المجلة، تعزيزًا للحركة البحثية الأكاديمية.

​