يهدف قسم الكيمياء الصيدلانية والعقاقير وبشكل دؤوب إلى إعداد جيل عالي المستوى ذي كفاءة عن طريق إثراء الطلبة بالتجارب العملية والمعلومات الأساسية المختصة بحقل الكيمياء استعداداً للالتحاق بالدراسات العليا أو الانخراط بالوظائف المتعلقة بالمجالات الصحية وفقاً للخطة الدراسية لكلية الصيدلة. وبالإضافة إلى المواضيع النظرية، يوفر القسم عدداً من المختبرات (كيمياء عضوية صيدلانية، وكيمياء تحليلية صيدلانية، وتحليل الآلي وتشخيص الأدوية، وكيمياء دوائية، وكيمياء العقاقير) إذ يتم من خلالها إكساب الطلبة مهارات تصميم وتركيب وتحليل الأدوية والمنتجات الطبيعية "كمًّا ونوعاً" والحصول على خبرة مباشرة في مختلف المجالات. أما فيما يخص الأبحاث العلمية فيصب الاهتمام في عدة اتجاهات، ومنها فصل وتشخيص المركبات الطبيعية، وتطوير المبلمرات الطبيعية لاستخدامها كأنظمة إيصال الدواء، إضافة إلى اكتشاف وتصميم الأدوية بناء على نمذجة الجزيئات باستخدام برامج حاسوبية.